La réhabilitation de l’ancien évêché, devenu musée à la révolution, entreprend la réorganisation des collections sur trois thèmes : Archéologie, Arts d’Afrique et d’Océanie et Beaux-Arts. Une extension accueille les expositions temporaires et les départements techniques de conservation.
La voûte de pierre de la crypte accueille les collections archéologiques. La collection des arts du Maghreb, d’Afrique et d’Océanie prend place dans les volumes du 1er niveau. Au dernier niveau, la section Beaux-Arts s’installe dans les traces de la décoration des salons du XVIIIe siècle.
La scénographie utilise la couleur comme identification et repérage des collections.